정태홍 목사는 자신의 유튜브 채널에 제72회 총회에 상정된 정태홍 목사 관련 헌의안 “정태홍 목사의 무법적 신학 비판행위에 대하여”에 대하여 대응하는 영상을 업로드했다. 정 목사는 이 상황에 대해서 마음이 아프다고 밝히면서, 무엇보다 학문의 자유가 보장되어야 한다고 주장했다. 그는 위키피디아에서 정의된 학문의 자유의 개념을 소개하면서, 학문적 활동이 외부로부터의 간섭이나 압력을 받지 않을 권리가 보장되어여 함을 강조했다. 설령 학문적 활동의 내용이 다른 집단이나 권력자 등에게 반하는 내용이라고 할지라도 이로 인하여 억압, 퇴출, 수감 따위의 침해를 받지 않을 권리가 모두에게 있다고 목소리를 높이면서, 이는 헌법에 의해서 보장되는 자유임을 역설했다. 

    이이서 교단의 저명한 신학자와 목회자들이 정목사 자신에 대해서 주관적인 생각을 헌의한 것에 대해 비판했다. 이는 학문의 자유를 침해하는 것과 다름이 없다고 주장했다. 그러면서 자신의 학문적 행위를 무법적 신학 비판이라고 규정한 것에 반발하면서, 그들은 합법적이고 나는 무법적인가? 라며 반문했다. 이런 종류의 헌의안을 올리려면 더욱 구체적인 증거가 필요하다는 점도 강조했다. 자신의 유튜브 영상 또는 책의 내용을 구체적으로 들어서 비판해야 정당한 것인데, 자신을 왜곡된 비판 및 근본주의, 무법적 비판이라고 규정하면서, 어느 지점이 구체적으로 그러한지 언급하지 않았다는 점을 지적했다. 

    특히 헌의안의 마지막 부분에서 총회의 총대들에게 암묵적인 압력을 가하는 문장이 있다고 주장하면서, 김순성 교수의 주장대로 과연 정목사 자신이 일개 비전문 목회자라면 이렇게까지 할 필요가 있는가? 라며 강력하게 비판했다. 자신은 시골 미자립교회의 목사일 뿐이라며, 헌의안을 올린 이들과 비교할 수 없는 위치에 있다고 밝혔다. 그런 자신이 비판했다고 해서 저명한 인사 다섯 명이 연대 성명을 내야 할만큼 본인들에게 충격이 되고 영향을 줄만큼 심각하고 중대한 사안인지도 되물었다. 나아가서 이것이 과연 고신총회에까지 상정해야 될 문제인지도 의문을 제기했다. 

    정목사는 자신에게만 학문의 자유를 보장해달라는 말이 아님을 밝히면서, 모두에게 학문의 자유가 보장되어야 한다는 주장을 하고 있는 것이라고 목소리를 높였다. 고신 헌법 255p을 인용하면서, 제1장 교회정치원리에서 양심의 자유를 자신의 학문의 자유가 보장되어야 할 또 다른 근거로 제시했다. 각 개인이 판단하기에 말씀의 가르침에 위배되는 가르침에 불복할 자유가 있으며, 이는 누구도 침해하지 못한다는 것이다. 정목사 자신이 보기에 관상기도는 분명하게 로마카톨릭의 영성이기 때문에 고신헌법에 보장된 양심의 자유에 따라 비판할 자유가 있다는 것이다. 

    구체적으로 강영안 교수가 언급한 유진 피터슨의 “이 책을 먹으라”는 로마 카톨릭의 신비주의자들에 기반하고 있다고 주장하면서, 로마 카톨릭 영성에 기반한 주장을 비판하는 것이 개혁주의 목회자로서 무슨 잘못이냐고 목소리를 높였다. 이어서 교회와 국가로부터 학문의 자유를 강조하는 강영안 교수의 책 내용을 직접적으로 언급하면서, 본인은 국가와 교회로부터의 학문의 자유를 주장하면서 왜 자신에게는 학문의 자유를 용인하지 않는가에 대해서 반문했다. 만일 관상기도에 대한 자신의 비판이 부당하다면, 총회에 상정해서 교회의 정치력을 동원해서 어떤 조치가 내려지기를 기대하는 것은 자기 모순이라고 주장했다.

    정목사는 이어서 권수경 교수를 언급했다. 권 교수가 가르치는 변증학을 언급하면서, 본인은 변증학이라는 비판적 학문을 하면서 자신에게는 학문적 비판을 하면 안되는지 반문했다. 권교수의 파스칼 평전에 대해 자신이 제기한 비판에 대해서 여태까지 한 마디도 반론을 제기하지 않다가 총회에 상정하여 압력을 가하는 것이 과연 학문을 하는 자의 자세인지 의문을 제기했다. 헌의한을 상정한 정현구 목사, 김순성 교수, 안병만 목사를 차례로 언급하면서, 그들은 유학하며 학위 과정을 하는 동안 다른 학자들에 대해서 비판적 사고를 하지 않았는가라고 질문했다. 학문을 하면서 비판적으로 사고해야 할 이들이, 정태홍 목사에 대한 비판에 학문적으로 대응하면 될 것이지 총회에 실력을 행사해야 할 문제인지 거듭 의문을 제기했다. 그리고 정목사는 헌의안에 기록된 것처럼, 자신이 무법적이라는 근거를 제시하고 논증을 하라고 요구했다. 학문적 논증 없이 자신을 무법적이라고 규정하는 것은 학부 과정에서부터 요구 받는 지극히 기본적인 사항을 간과한 것이라고 비판했다. 

    마지막으로 정목사는 학문적 자유를 탄압하지 말아달라고, 교단의 권위를 가지고 한 목회자의 학문활동을 정치적으로 위협하지 말아달라고 간곡하게 부탁한다고 이야기했다. 그러면서 다섯 명의 실명을 거론하며 반응을 기다리겠다며, 목사로서 교수로서 품위있고 신사적인 자세를 바란다며 부탁했다. 본인도 더 기도하면서 겸손하게 나아가겠다고 다짐하며 영상을 마무리했다.