총회헌법위원회가 노조불허를 해석한 것을 두고 행정법원은 부당노동행위가 아니다라고 판결했다고 kbs 라디오는 2006. 12. 13. 10시 뉴스에서 아래와 같이 방송했다.

"교회 헌법을 해석해 노조 가입이 불가능하다고 일선 교회에 통보한 것은 부당노동행위가 아니라는 판결이 나왔습니다.

서울행정법원 행정 12부는 대한예수교 장로회 총회가 교회헌법상 전국기독교회 노조 가입은 안된다고 일선 교회에 통보한 것을 부당노동행위라고 판단한 중앙노동위원회를 상대로 낸 소송에서 원고 승소 판결했습니다.

재판부는 판결문에서 원고가 내린 교회헌법 해석이 노조 가입에 영향을 끼친다 하더라도 이는 종교적.영적 지배력 때문이지 세속적 지배력 때문이 아니라고 판시했습니다.

대한예수교장로회총회는 지난해 일선 교회 목사가 부목사와 직원들이 교회노조에 가입하는 것이 교회헌법상 합당한지 질의하자 헌법 해석상 불가하다고 결의해 회신했고 중노위가 이를 부당노동행위로 판단하자 소송을 냈습니다. "

위 판결을 한 행정법원은 일단 전국기독교회노동조합을 인정하고, 총회(예장통합)의 사용자성(사용자단체)도 인정하고 있다는 점에서 의미을 부여 할 수 있는 판결 이유라 할 수 있다.

  문제는 성경을 근거한 해석은 종교적 영적 지배력이기 때문에 노조가입 불가 해석은 부당노동행위가 아니라는 뜻이라고 할 수 있는데 노동조합의 입장은 노조가입은 헌법적인 권리이고 노조법상 권리로서 노조의 단결권을 침해한 것이 분명하다는 입장이며 판사가 2분법적으로 보고 있다며 비난을 퍼부으며 세속적인 지배력이 엄연히 존재하는 만큼 위법한 판결이라는 주장이다.

  전국기독교회노동조합은  중앙노동위원회가 패소한 것이지만 이해 당사자로 항소를 준비하는 것으로 알려지고 있다.