2014년 3월 25일 총회(총회장 주준태 목사) 인사위원회의 징계위원회는 회의를 열고 그 동안 논란이 되어 왔던 나삼진 원장에 대해 해고하는 것으로 최종 결정을 내리고 본인에게 통고하고 기독교보에 공고를 냈다. 

인사위원장 주준태 목사는 총회 교육원 원장 나삼진 목사에 대한 원장직을 총회 취업 규칙 56조 4항에 의거하여 총회 징계 위원회의 결의로 2014년 3월 31일자로 해고하였다.  

구체적인 사유는 

1. 총회 결정 사항과 감사 지적 사항 불이행함

2. 지난 일들을 총회장에게 강압적인 태도로 해결을 요구함

3. 계간지 교회와 교육을 통하여 불법적인 글을 게재해 총회 결의사항에 대한 부정과 총회

    지도자를 폄하함.

4. 직무를 이용하여 공금을 유용해 이득을 취함. 

5. 총회 규칙에 따른 정당한 업무지시를 불이행함. 

지난 3월 15일 오후 2시에 총회 인사 위원회와 교육원 이사회가 연석으로 간담회를 열어 교육원장 문제를 의논하였다. 이날 분위기는 화기애애하였다고 참석자가 전하면서 잘 해결 될 것으로 전망했다.

이어 열린 인사위 징계위원회는 나삼진 원장에게 마지막 소명기회를 주었다. 그러나 나원장의 진술태도에 분위기는 일순간 변하여 해고하는 쪽으로 가닥을 잡았고 다시 3월 18일에 모인 징계위원회는 나원장의 태도를 지켜보자고 했다가 최종 3월 25일에 인사위 징계위원회가 소집되어 그동안 나원장의 태도에 변화가 없음을 확인하고 징계를 결의하고 인사위원회는 해고를 결정하여 본인에게 27일 통고하였다.  

총회 교육원은 해임의 분위기를 알고 지난 18일에 임시로 부산에서 모임을 가졌으나 공식 통보가 없으므로 내부적인 대응책만을 준비한 것으로 보인다. 이제 교육원 이사회는 공식 통고가 이루어진 상태이기에,  재심 청구 등을 할 것으로 보인다. 

총회 인사위원회는 총회장, 부총회장 2인, 서기와 사무총장 총6인으로 구성되었고, 총회 기관 산하 책임자들에 대한 임면을 할 수 있다.