장 시간의 토론이 이어진 후, 이성구 교수의 징계는 총회가 하였으므로 총회가 해벌을 하여야 하므로 노회가 가입을 받을 수 없다는 쪽으로 결정이 나왔는데 이는 전날 수영교회 교인들을 징계하면서 해벌은 해 당회가 하라고 지시한 것과는 사뭇 다른 결정이라 당사자와 중부산 노회원들의 반발을 샀고 총회가 입맛에 따라 결정한다는 비난을 면치 못하게 되었다. 

이성구 교수에 대한 징계촉구결의안은 받되 법적인 요건은 총회가 제공한다 라고 결정이 났는데 앞으로 총회는 어떻게 법적인 미비한 부분을 해소할 것인지 주목되는 부분이다.

이를 동의한 정주채 목사에 의하면 지금 교육인적자원부에서도 결정 난 바와 같이 혹 이 문제로 법정에 가면 절차가 무시된 채 결의된 사항은 무효로 판결이 나오게 될 것이니 다시 처음부터 절차를 밟아 법적인 요구를 충족한다는 것이다.

즉 이성구 교수의 신학사상을 가지고 다시 정식 재판을 열어 적법절차를 거쳐 징계를 하기로 한다는 것이다. 그러나 제명된 목사를 재판에 세울 수 있는가 하는 어려움이 있으나 현직 교수이기 때문에 가능하지 않겠는가하는 여론도 있다.

한편 한 번도 자신의 논문과 신학사상에 대해 변명해 보지 못한 이성구 교수는 이를 적극 환영하며 자신을 불러주면 언제든지 달려가 어떤 재판도 달게 받겠다는 것을 천명하고 있다.