고려신학대학원생들의 전원장학생화를 꿈꾸며 2002년도에 시작된 목양장학회는
수개월만에 기여금이 5억을 돌파하는 놀라운 성과를 거두어 500억원의 모금목표를 향한 순항을 시작한 바 있다.

초대 이사장으로 추대된 정주채 목사는 잠실중앙교회를 담임하던 시절부터 교단의 인재를 위한 장학사업에 힘써온 바 있어 활발한 장학사업이 기대되었다. 그러던 중 신대원의 모교수가 목양장학재단에 최초 기부된 3억원이 학교의 공금이라는 주장을 펴기 시작하였고, 마침내 학교법인 이사회에 고발되어 조사를 받기 시작하였다.

그러나 지난 55회 총회는 감사보고를 통해 목양장학회의 기금이 학교의 공금이라는 주장은 '옳지 않다'는 결론을 내렸고, 모금위원들의 공로를 치하하기에 이르렀다. 그럼에도 불구하고 C교수는 목양장학회에 대한 시비를 멈추지 않았고, 마침내 교육인적자원부에서 특별 감사를 실시하기에 이르렀다. 두 차례에 걸친 조사가 진행되었으나, 기부인들 전원이 목양장학재단에 기부하였다는 진술서를 제출하여, 사실상 C교수의 주장이 허위임이 밝혀졌다.

제2대 이사장으로 취임한 온천교회 안용운 목사는 이러한 사실에도 불구하고 전혀 반성의 기미가 없는 C교수에 대해, 목양장학회 이사회 결의를 바탕으로 학교법인 고려학원 이사회에 징계를 청원할 계획임을 밝히고 있어 그 귀추가 주목되고 있다.

전적으로 학생들을 위한 장학재단임을 정관에 밝히고 있고, 실제로 학생들에게 거액의 장학금을 지급해온 사실이 명백함에도 불구하고, 신대원의 교수가 시비를 거는 행위는 상상을 초월하는 것으로, 장학재단의 관계자들은 한결같이 분노를 표출하고 있는 상황이다. 현재 장학재단은 이사 교회들의 지원 외에는 모금활동을 하지 못하고 있다.

결국 등록금과 생활비 전액을 지불하는 전액 장학생이 10명에서 3명으로 줄어든 상황이다.