신중광 장로는 “주남선 목사는 한상동 목사와 함께 고려신학교를 설립하신 교육자이면서, 독립운동가이시기도 했다. 하지만 오늘날 고신인 중 많은 분들이 주남선 목사에 대해서 잘 알지 못한다. 이러한 주남선 목사의 헌신과 사랑을 이어가고자 주남선 장학회를 설립하고 매년 거창지역의 중고대학생과 신대원 학생에게 장학금을 수여하고 있다. 앞으로 장학사업을 확대하여 보다 많은 신대원생들이 혜택을 누릴 수 있도록 노력하겠다.”고 취지를 설명하였다.  

한정건 원장은 “거창교회 주남선 장학회가 매년 학교를 방문하여 학생들에게 장학금을 전달해 주심에 감사드리며 장학회의 설립취지에 맞게 주남선 목사님의 정신을 계승하는 신실한 목회자들이 많이 배출될 수 있도록 잘 지도하고 교육하겠다.”고 말했다.  

주남선 장학회는 고려신학대학원의 설립자이신 고 주남선목사님의 목회정신인 사랑, 믿음, 충성, 겸손을 기본으로, “죽도록 충성하라”는 신앙심을 계승할 목회자를 양성 지원하는 것과, 거창교회에 적을 둔 학생과 추천을 의뢰한 여러 학교에서 선정한 학생들에게 장학금을 지급하여 학생의 신앙생활과 향학심 향상에 기여함을 목적으로 설립되었다. 

처음에는 거창교회와 주남선 목사의 목회정신을 바탕으로 하는 몇몇 성도들이 뜻을 모아 기금을 적립하여 주남선 장학회를 운영하던 것을, 거창교회가 고려신학교의 설립자이신 고 주남선 목사의 목회정신을 기본으로 하는 장학회로 확대하여 운영하는 것이 좋다고 상호 협의하여 2001년 1월 21일에 거창교회 주남선 장학회로 확대 개편하였다. 

장학회는 매년 거창지역 7개 고등학교와 교회 중•고•대학생 각 7명에게 장학금을 지급하고 고신대학교와 고려신학대학원에 각 4명씩 장학금을 지급해 오고 있다.