서울중앙지방법원 제51민사부는 "총신대 이사회가 결정한 직위해임에 대해 해임효력정지 등 가처분"을 결정하였다. 해당법원은 본안 판결 확정시까지, 이상원 교수가 총신대의 교수의 직위에 있음을 임시로 정하며, 총신대학교는 이상원 교수의 의사에 반하여 이상원 교수에게 총신대학교 학부, 신학대학원, 일반대학원의 강의를 배정하지 않고, 강의를 방해하는 행위를 하여서는 안 되며, 이상원 교수가 총신대학교 양지캠퍼스가 있는 총신대학교 신학대학원 본관 연구실을 사용하는 행위를 방해 하여서는 안 된다고 주문하였다. 또한 총신대학교 홈페이지 사이트를 이용할 수 있는 아이디를 삭제하는 등 이상원 교수가 총신대학교 홈페이지 사이트를 이용하는 행위를 방해해서는 안 된다고 주문하였다.

법원이 교수 지위 부여 및 방해 금지 신청에 관한 판단한 이유는, 기록 및 심문 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여, 이 사건해임 처분의 적법성 내지 타당성이 인정 된다고 볼 수 없으므로, 이상원 교수에게 총신대학교 교수의 지위를 임시로 부여 할 피보전권리가 있다고 하였다.

이상원 교수가 총신대 이사회로부터 받은 징계를 통해 해임된 사유에 대한 법원의 판단을 살펴보면,

① 제1징계 사유

이상원 교수의 강의 중 이상원 교수가 행한 발언이라 선택한 어휘, 내용, 표현방식, 특히 이상원 교수가가 한 “항문 근육을 통해서도 얼마든지 자극이 가능해요”,  “여러분이 그 성관계를 가질 때 굉장히 격렬하게 이거해도 그거를 여성의 성기가 다 받아내게 되어 있고” 등의 발언은 노골적인 표현에 해당하여, 이상원 교수의 강의를 듣던 학생들에게 성적 굴욕감이나 혐오감을 느끼게 할 여지가 있는 것으로 보이긴한다.

그러나 기록 및 심문 전체의 취지를 종합하여 보면, 채권자는 신학을 전공한 신학대학교 교수로서 기독교적 성윤리를 가르치기 위하여 위와 같이 성적내용이 담긴 강의 방식을 취한 것으로 보이고, 그 성적 내용도 전체 강의 중 일부에 지나지 않을 뿐 만 아니라, 강의의 전체적인 맥락이나 의도, 강의를 통하여 달성하려는 목적이나 지향점 등을 아울러 고려해 볼 때, 이상원 교수의 강의 내용이 성희롱에 해당한다는 이유로 해임 처분을 하는 것은 균형을 잃은 과중한 징계양정으로 보인다.

② 제2징계사유

이상원 교수가 학생 자치회의 대자보를 반박하는 내용의 대자보를 게재 하였으나, 이는 문제되는 이상원 교수의 강의에 대한 자신의 입장을 밝히기 위한 것으로 보일뿐이고 이로써 성희롱 피해자에 대한 2차 피해를 유발한 것이라고 볼 수 없으므로, 이러한 행위를 징계 사유에 해당 한다고 볼 수 없다. 또한 이상원 교수가 총학생회 회장에게 2019. 12월 경 몇 차례에 걸쳐, ‘총학생회가 게재한 대자보로 인하여 이상원 교수의 명예가 훼손 되었으니, 사과문을 발표하고 이를 하지 않을 경우 법적 조치를 취할것’ 이라는 내용이 담긴 내용 증명 우편을 보낸 것은 교수와 제자의 사이를 고려할 때 적절하지 않은 측면이 있으나, 당초 총학생회가 이상원 교수의 강의가 성희롱에 해당한다는 취지로 대자보를 게재하자, 이상원 교수가 그 내용이 자신에 대한 명예 훼손이라고 나름 판단하고 위와 같은 내용 증명 우편을 보낸것으로, 이러한행위 또한 징계 사유에 해당 한다고 볼 수 없다.

③ 제3징계사유

제3징계사유는 이상원 교수가 위 대자보를 게재함에 따라 총신대학교 내부와 외부에 많은 혼란을 야기 하였다는 것인데, 총신대학교 내부와 외부에 많은 혼란을 불러 일으켰다는 것을 이상원 교수의 책임 있는 사유로 보아 이를 이상원 교수에 대한 징계 사유로 삼는 것은 타당성이 없다.

총신대학교가 이 사건 해임 처분에 이른 경위, 이 사건 해임 처분과 관련 한 이상원 교수의 태도, 이 사건 신청에 이른경위, 나아가 이상원 교수가 이 사건 해임 처분으로 인하여 대학교수로서 인격권 실현의 본질적 부분인 학문의 자유를 상당 부분 제한 받고 있는 점, 임용과 학문의 자유에 대한 제한은 그 성격상 추후 이상원 교수로부터 금전 배상으로 전보 받는데 한계가 있는 점, 특히 이상원 교수에게는 2020. 2학기가 마지막 학기에 해당 하는 것으로 보여 이 사건 해임 처분이 유지되는 경우 교수로서는 더 이상 교단에 설 수 없게 되는 점 등을 종합적으로 고려하면, "이상원 교수에게 총신대학교 교수의 지위를 임시로 부여 할 보전의 필요성도 있다. "고 판결하였다.