지금도 나가사키(長崎)는 기리시단 순교지로서 많은 관광객들이 방문하는 순교 현장이기도 한다. 나가사키(長崎) 역에서 약 5분 정도의 거리에 있는 니시자가(西坂) 공원에 26인의 순교자 동상이 세워져 있다.

이곳에는 순교자 26 성인(聖人)들의 동상과 더불어 기념관이 설치되어 있고 뒤편 언덕 위에는 순교자 기념 성당이 건립되어 있으며 매년 2월5일에 순교자들을 위한 성대한 미사를 드리고 있다. 이곳은 일본 순교 역사의 가장 상징적인 현장으로 기리시단 박해의 참혹함을 엿보게 한다.

일본선교역사는 참으로 알쏭달쏭한 베일에 싸여 있는 얼룩진 역사이다. 일본선교의 초기에는 매우 순조롭게 진행되어 카토릭 선교본부에서도 감탄할 정도로 매우 빠른 속도로 전개되었다. 그리하여 최고의 권력자 도요토미 히데요시(豊臣秀吉)는 기리시단 영주들을 이용하여 임진왜란의 참혹한 침략전쟁을 자행하였으나 결국 패전하고 말았다. 도요토미 히데요시(豊臣秀吉)는 기리시단 영주들을 이용하면서 한 편으로는 기리시단을 박해하는 정책으로 금지령을 공포하였다.

도요토미 히데요시(豊臣秀吉)가 갑작스럽게 기리시단 금지령을 공포하게 된 이유는 여러 가지 원인이 있겠지만 다음과 같은 이유로 추측하고 있다. 첫째는 선교사들이 일본 침략을 위한 서양제국의 앞잡이로 생각했기 때문 이다. 그 당시에 스페인, 포르투갈 등이 세계 각지에 침략하여 여러 나라들을 식민지로 만들고 영토를 확장하였다는 소문들이 유포되었기 때문이다. 둘째는 신앙적으로 지배자의 권세를 최종적으로 부정하지 않으면 안되기 때문이었다. 기독교의 세력이 강해져 갈수록 자기들의 지배 체제가 넘어지게 되고 몰락된다는 공포심이 작용했을 것이다. 셋째는 기리시단은 자살을 금하기 때문에 무사들의 활복이나 순직 등을 부정하므로 지도 체제가 무너질 것을 두려워했기 때문이었다. 또한 기독교가 봉건사회의 도덕과 습관에 부합하지 않으며 일본 실정에 맞지 않을 뿐만 아니라 전통적인 풍속과 습관을 파괴시킨다고 생각했기 때문이었다.

스페인 항해사를 체포하여 조사하는 중 그가 말하기를 “침략하기 위하여서는 먼저 선교사들을 파송하고 뒤를 이어서 군대를 보내어 정복한다”고 진술하였기 때문이었다. 이와 같은 진술이 결정적인 요인이 되어 기리시단 금지령을 공포하게 되었고 기독교 역사에 유례없는 박해가 시작된 것이다.

기리시단 금지령을 공포하였음에도 불구하고 규수(九州) 지방의 기리시단 영주들이 불복하므로 교토(京都)에 있는 기리시단과 사제들을 체포하여 왼쪽 귀를 자른 후 동네를 돌면서 경고하였다. 추방령에 의하여 체포 된 자들은 일본인 20인, 스페인 4인, 포르투갈인 1인, 멕시코 1인으로 26인으로 그들 가운데는 어린이 3명도 함께 포함되어 있었다. 1597년 1월3일에 교토(京都)를 출발하여 혹독한 추위에도 불구하고 눈길을 걸어서 나가사기(長崎)를 향하였다. 그들은 끌러 가면서도 찬미를 부르고 기도하면서 전도하는 아름다운 모습으로 순교자의 길을 선택하였다.

1597년 2월 5일에 나가사기(長崎)에 도착하여 바다와 마을이 보이는 니시자가(西坂) 언덕에서 십자가에 결박되었지만 그들은 최후로 “모든 백성들아 하나님을 찬양하라”는 찬미와 기도를 드렸다. 바울로 미끼(三木)는 십자가 위에서 외치기를 “나는 일본인으로 예수회의 수도사이다. 내가 죽게 되는 것은 나쁜 죄를 지었기 때문이 아니다. 그리스도의 가르침을 믿고, 그것을 전했기 때문이다. 그 가르침에 순종하여 나는 장군과 병사들을 마음으로부터 용서한다.”고 외쳤다. 사형을 집행하는 형리(刑吏)들이 창을 가지고 순교자들의 가슴을 찔려 최초의 26인의 성인(聖人)들이 장열하게 순교를 당하였다. 순교자들의 시체는 십자가 위에 그대로 방치하였다가 여름이 되어서 매장하게 되었고, 십자가를 세웠던 자리에 26본의 동백나무를 심고 그 때부터 이곳을 순교자의 언덕이라고 부르게 되었다.